Badan Karantina Indonesia merupakan Lembaga Pemerintah Non-Kementerian yang bertanggung jawab langsung kepada Presiden. Lembaga ini bertugas melindungi sumber daya alam hayati nusantara melalui sistem perkarantinaan yang holistik dan terintegrasi.
Dalam struktur kerjanya, Badan Karantina Indonesia memiliki unit kerja strategis yang mencakup Deputi Bidang Karantina Hewan, Deputi Bidang Karantina Ikan, dan Deputi Bidang Karantina Tumbuhan. Selain itu, terdapat Inspektorat serta Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang mendukung pelaksanaan tugas.
Untuk layanan informasi publik, Badan Karantina Indonesia menyediakan sejumlah kanal, antara lain Akuntabilitas Kinerja, Pejabat Pengelola Informasi (PPID), Jaringan Dokumentasi Hukum (JDIH), layanan Tanya Karantina, serta kanal Pengaduan.
Adapun alamat kantor pusat Badan Karantina Indonesia berada di Gedung Soedjono Djoened Poesponegoro/Gedung BPPT I, Jl. M.H. Thamrin No.8 Lantai 9, 10, 11, Kebon Sirih, Kecamatan Menteng, Jakarta Pusat, 10340. Kontak yang tercantum meliputi nomor telepon (021) 0000-000 dan email resmi settama@karantinaindonesia.go.id.

