Kedatangan bangsa Spanyol ke wilayah yang kini dikenal sebagai Indonesia tidak terlepas dari daya tarik Nusantara pada masa itu, terutama kekayaan alam dan posisi strategisnya dalam perdagangan rempah-rempah. Sejak abad ke-15, sejumlah bangsa Eropa berlomba melakukan pelayaran jarak jauh untuk menemukan wilayah baru sekaligus membuka jalur dagang yang lebih menguntungkan.
Salah satu pendorong utama penjelajahan samudera adalah tingginya nilai rempah-rempah di Eropa. Rempah-rempah dibutuhkan, antara lain, sebagai bahan pengawet makanan. Pengawetan menjadi penting bagi masyarakat Eropa kala itu untuk menjaga persediaan pangan, terutama saat musim dingin.
Selain faktor ekonomi, penjelajahan juga dipengaruhi situasi politik. Kekalahan kerajaan-kerajaan Katolik Eropa dalam Perang Salib disebut memporak-porandakan jalur perdagangan antara Eropa dan Asia serta memperburuk ekonomi kerajaan-kerajaan di Eropa karena besarnya biaya perang. Kemudian, jatuhnya Konstantinopel (kini Istanbul) ke tangan Turki Usmani pada 1453 mempersempit akses dagang Eropa ke Asia. Konstantinopel merupakan titik penting perdagangan antarbenua, terutama untuk memperoleh pasokan rempah. Setelah kota itu dikuasai Turki Usmani, pedagang Eropa kesulitan masuk karena Sultan Muhammad II melarang mereka berdagang di sana.
Kondisi tersebut mendorong kerajaan-kerajaan Eropa mengerahkan para pelaut untuk mencari jalur perdagangan baru lewat samudera, sekaligus menemukan kepulauan sumber rempah-rempah. Spanyol menjadi salah satu kekuatan yang ikut dalam gelombang penjelajahan, selain Portugis.
Dalam penjelajahan itu, Spanyol membawa misi yang kerap dirangkum sebagai 3G: Gold (mencari emas dan kekayaan, termasuk melalui perdagangan rempah), Glory (mencari kejayaan dan kekuasaan melalui wilayah jajahan), serta Gospel (menyebarkan agama Katolik). Artinya, tujuan Spanyol tidak semata berdagang, tetapi juga memperluas pengaruh dan menyebarkan keyakinan.
Penjelajahan Spanyol berlangsung setelah adanya Perjanjian Tordesillas yang membagi wilayah pelayaran dan pengaruh antara Spanyol dan Portugis melalui garis imajiner dari Kutub Utara ke Kutub Selatan. Dalam pembagian itu, Spanyol memperoleh jalur pelayaran ke arah barat, sedangkan Portugis mendapat jalur timur. Portugis dinilai lebih diuntungkan karena jalur timurnya melewati kepulauan penghasil rempah, termasuk Nusantara.
Meski demikian, Spanyol tetap mengirim pelayar. Salah satu tokoh yang dikenal dalam penjelajahan Spanyol adalah Christopher Columbus. Adapun sejarah kedatangan Spanyol ke Nusantara ditandai oleh kedatangan rombongan Kapten Joan Sebastian El Cano yang tiba di Kepulauan Maluku pada 8 November 1521. Kedatangan ini disebut sebagai rombongan pertama Spanyol yang mencapai Nusantara dan menjadi awal keterlibatan Spanyol di wilayah tersebut.
Namun, kehadiran Spanyol di Maluku tidak berjalan mulus. Portugis telah lebih dulu singgah dan menentang kedatangan Spanyol, dengan alasan terjadi pelanggaran terhadap Perjanjian Tordesillas. Persaingan kedua bangsa Eropa itu kemudian meluas ke relasi dengan kekuatan lokal: Spanyol mendekati Kesultanan Tidore, sementara Portugis telah menjalin kerja sama dengan Kesultanan Ternate.
Situasi ini memunculkan ketegangan yang memuncak pada permusuhan Ternate dan Tidore. Pertentangan kedua kesultanan tersebut berujung pertempuran yang disebut dipengaruhi kepentingan politik Spanyol dan Portugis. Dalam konflik itu, Ternate yang mendapat bantuan Portugis akhirnya memenangkan pertempuran.
Spanyol kemudian memilih mundur dari Kepulauan Maluku pada 1535. Selain karena kalah dalam persaingan, keputusan itu juga terkait Perjanjian Saragosa pada tahun yang sama, yang berisi kesepakatan pembagian wilayah operasi perdagangan di kawasan timur jauh. Berdasarkan perjanjian tersebut, Spanyol berhak beroperasi di Filipina, sementara Portugis di Kepulauan Maluku. Perjanjian Saragosa sekaligus menandai berakhirnya masa pendudukan Spanyol di Indonesia yang berlangsung relatif singkat.
